Las molestias que tienen que ver con los tratamientos de depilación láser varían de manera considerable en función de varios factores importantes. Generalmente están relacionadas directamente con la zona del cuerpo donde se esté aplicando el láser, con la densidad del vello y su grosor y también con el tipo de piel del paciente; además, es muy importante a tener en cuenta que la capacidad para tolerar o sentir el dolor varía bastante de unas personas a otras. Por ello, se suelen utilizar cremas anestésicas que evitan molestias al paciente durante el transcurso de los tratamientos de depilación con láser. Estas cremas anestésicas deben ser aplicadas con precaución y nunca en zonas excesivamente grandes, ya que en cantidades significativas se absorbe en la circulación sanguínea.

Dado que la energía que proporciona el láser produce calor y es absorbida por el folículo piloso, el paciente puede tener cierta sensación extraña al principio, que será diferente en función de la zona que se esté tratando en esos momentos. Existen zonas en el cuerpo que duelen más que otras; además, los pacientes que tienen el vello muy oscuro posiblemente sientan más molestias que los que tienen el pelo fino, dado que al tratarse de un vello más grueso debe absorber más luz del láser durante el tratamiento que en el caso de un vello más fino. De todas formas, el vello, a medida que se va tratando con láser va volviéndose cada vez más delgado y menos denso, por lo que también las molestias van aminorándose progresivamente y desapareciendo a medida que avanzamos en los tratamientos.